Terremotos
El terremoto de 1822 produjo nuevos daños y la iglesia quedó bastante mal hasta que en 1837 asumió el párroco José Antonio Riobó quien la demolió. Durante todo este tiempo se siguió usando. Incluso José María Mastai Ferretti, futuro Papa Pío IX, celebró una misa en ella en 1824.
Con la venta de los materiales de la demolición y colectas, se construyó la actual iglesia entre 1837 y 1842. Durante el bombardeo de 1866, tres bombas cayeron en La Matriz, pero no le hicieron daño. En 1887, el templo estaba en ruinas, por lo que su párroco Vicente Martín y Manero decidió remodelarlo; demuelió parte de la torre y redecoró toda parte de adentro.
A partir de 1971, después de ser nombrada Monumento Nacional, la iglesia empieza a ser restaurada. Los terremotos de 1971 y 1985 producen algunos daños, pero son reparados, por lo que hoy día está en buen estado.